Tidig embryonal utveckling och komplexa störningar
Vi fokuserar på geneffekter och nätverk i komplexa fenotyper hos människor. Vi studerar tidig embryonal utveckling och komplexa störningar, många som innehåller en inflammatorisk komponent, såsom preeklampsi, psoriasis och sällsynta immunsystemrelaterade sjukdomar, samt utvecklingsdyslexi. Dessutom har vår grupp ett intresse för jämförande studier mellan människor och andra arter, till exempel hundar. Det finns en stark strategisk synergi mellan projekten, även om de representerar olika fysiologiska system.
Vår forskargrupp grundades 1994. Vi använder moderna genomikverktyg, inklusive DNA och RNA-sekvensering av hög kapacitet. Vi arbetar i nära samarbete med kliniska specialister och ledande experter inom specifika metoder, såsom proteomik, encells transkriptomik och hjärnavbildning, och är aktiva i ett antal internationella konsortier.
Nyligen hade vi ett genombrott i form av ett detaljerat transkriptom av tidiga embryon, och nu är vårt fokus att karakterisera det reglerande nätverket för tidig embryonal utveckling. Vårt senaste arbete har lyfts fram funktionerna i DUX4, en gen som startar aktiveringen av embryot sitt eget genom. Vi har nyligen funnit att en central mekanism i preeklampsi involverar en autoimmunliknande process där skyddet av placentaceller genom uttrycket av en gen som kallas HLA-G är lågt och mammans immunsystem kan attackera moderkakan. Vid psoriasis visade vi att medfödda immunitetsrelaterade signalvägar är aktiva också i icke-immunceller i psoriasishud. Vi har identifierat flera känslighetsgener, till exempel för dyslexi, vilket ger möjligheter att studera de patogenetiska mekanismerna. Vi studerar för närvarande sambandet mellan dyslexi-känslighetsgener och hjärnaktivitet. Våra studier om immunbriststörningar fokuserar på att identifiera gener bakom de nya och sällsynta typerna av sjukdomar. Vi har redan identifierat flera nya gener i ett arbete som fortsättningsvis pågår.
Läs mera
Seniorforskare
Sini Ezer
Shintaro Katayama
Satu Wedenoja, gästande forskare
Forskare
Jere Weltner
Doktorander
Gamze Yazgeldi Gunaydin
Nina Boskovic, gästande forskare
Akshara Urs, gästande forskare
Studerande
Tuuli Vallo
Viljami Wuollet
Övrig personal
Eira Leinonen, forskningsskötare
Auli Saarinen, laboratoriemästare
Gawriyski L, Tan Z, Liu X, Chowdhury I, Malaymar Pinar D, Zhang Q, Weltner J, Jouhilahti EM, Wei GH, Kere J, Varjosalo M. Interaction network of human early embryonic transcription factors. EMBO Rep 25:1589-1622, 2024
Yoshihara M, Kere J. Transcriptomic differences between human 8-cell-like cells reprogrammed with different methods. Stem Cell Rep 18:1621-1628, 2023
Yoshihara M, Kirjanov I, Sokka J, Weltner J, Lundin K, Gawriyski L, Jouhilahti E-M, Varjosalo M, Tervaniemi MH, Otonkoski T, Trokovic R, Katayama S, Vuoristo S*, Kere J*. Transient DUX4 expression induces blastomere-like expression program that is marked by SLC34A2. Stem Cell Rep 17:1743-1756, 2022
Wedenoja S*, Yoshihara M, Teder H, Sariola H, Gissler M, Katayama S, Wedenoja J, Häkkinen IM, Ezer S, Linder N, Lundin J, Skoog T, Sahlin E, Iwarsson E, Pettersson K, Kajantie E, Mokkonen M, Heinonen S, Laivuori H, Krjutškov K, Kere J*. Fetal HLA-G mediated immune tolerance and interferon response in preeclampsia. EBiomedicine 59:102872, 2020
Wagner M, Yoshihara M, Douagi I, Damdimopoulos A, Panula S, Petropoulos S, Lu H, Pettersson K, Palm K, Katayama S, Hovatta O, Kere J, Lanner F, Damdimopoulou P. Single cell map of the human ovarian cortex. Nature Commun 11:1147, 2020
Hirabayashi S, Bhagat S, Matsuki Y, Takegami Y, Uehata T, Kanemaru A, Itoh M, Shirakawa K, Takaori-Kondo A, Takeuchi O, Carninci P, Katayama S, Hayashizaki Y, Kere J, Kawaji H, Murakawa Y. NET-CAGE characterizes the dynamics and topology of human transcribed cis-regulatory elements. Nature Genet 51:1369-1379, 2019
Katayama S, Ranga V, Jouhilahti E-M, Airenne TT, Johnson MS, Mukherjee K, Bürglin TR*, Kere J*. Phylogenetic and mutational analyses of human LEUTX, a homeobox gene implicated in embryogenesis. Sci Rep 8:17421, 2018
Weltner J, Balboa D, Katayama S, Bespalov M, Krjutškov K, Jouhilahti E-M, Trokovic R, Kere J*, Otonkoski T*. Human pluripotent reprogramming with CRISPR dCas9 activators. Nature Commun 9:2643, 2018
Töhönen V, Katayama S, Vesterlund L, Jouhilahti E-M, Sheikhi M, Madissoon E, Filippini-Cattaneo G, Jaconi M, Johnsson A, Bürglin TR, Linnarsson S, Hovatta O, Kere J. Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development. Nature Commun 6:8207, 2015
Hannele Laivuori, MD, PhD, and the FINNPEC Consortium
Hannes Lohi, PhD, Professor, and the DoGA Consortium
Timo Otonkoski, MD, PhD, Professor
Mikko Seppänen, MD, PhD
Juha Tapanainen, MD, PhD, Professor
Folkhälsan Research Foundation
Jane and Aatos Erkko Foundation
Päivikki and Sakari Sohlberg Foundation
