Grupp Saavalainen

Immunomik

Gruppen fokuserar på att hitta nya genetiska, transkriptomiska mikrobiotiska och cellulära biomarkörer för sjukdomar som celiaki och inflammatorisk tarmsjukdom, och på att karakterisera deras funktion och roll i sjukdomspatogenes, och så småningom tillämpa resultaten i utvecklingen av nya diagnostiska och terapeutiska metoder.

Kroniska tarminflammationer som celiaki (CD) och inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) uppvisar onormal immunologisk autoreaktivitet som utlöses av ofarliga miljöantigener. Exempelvis gluten i kosten och i tarmfloran. Immunomikforskningsgruppen fokuserar på att hitta nya genetiska, transkriptommikrobiotiska och cellulära biomarkörer för de här sjukdomarna, på att karakterisera deras funktion och roll i sjukdomsuppkomsten, och att på sikt tillämpa resultaten i utveckling av nya diagnostiska och terapeutiska metoder.

Med gruppens omfattande fallkontroll och familjebaserade DNA-samlingar det gjorts genomomfattande genotypnings-, exom- och regulomsekvenseringsstudier på sjukdomarna. Genom att använda bulk- och encells-RNA-seq och T-cellsreceptorsekvenseringsmetoder på celler insamlade från glutenutmanade CD-patienter och kontroller studerar gruppen T-cellsreceptorrer, antigenspecificiteter och T-cellsfenotypplasticitet i CD. Inom IBD profilerar gruppen transkriptomer och genomiska markörer för bättre förutsägelse av läkemedels effektivitet på anti-TNFalfa-terapier. Med systematisk mikro- och mykobiotasekvensering har gruppen också hittat bakterie- och svamparter som kan användas för att förutspå behandlingsresultats prognoser. Också i olika samarbetsprojekt om andra autoimmuniteter som typ 1-diabetes och narkolepsi, samt äggstockscancer, tillämpar gruppen sin expertis på encells-, immunorepertoar-, HLA- och KIR-sekvensering.

Läs mera

Seniorforskare

Heli Pessa, PhD

Katarzyna Leskinen, PhD

Doktorander

Tiira Johansson, MSc

Pinja Elomaa, MSc

Rebecka Ventin-Holmberg, MSc

Samineh Barmaki, MSc

Vuorela A, Freitag TL, Leskinen K, Pessa H, Härkönen T, Stracenski I, Kirjavainen T, Olsen P, Saarenpää-Heikkilä O, Ilonen J, Knip M, Vaheri A, Partinen M, Saavalainen P, Meri S, Vaarala O. Enhanced influenza A H1N1 T cell epitope recognition and cross-reactivity to protein-O-mannosyltransferase 1 in Pandemrix-associated narcolepsy type 1. Nat Commun. 2021 Apr 16;12(1):2283. doi: 10.1038/s41467-021-22637-8. PMID: 33863907; PMCID: PMC8052463.

Yohannes DA, Kaukinen K, Kurppa K, Saavalainen P, Greco D. Clustering based approach for population level identification of condition-associated T-cell receptor β-chain CDR3 sequences. BMC Bioinformatics. 2021 Mar 25;22(1):159. doi: 10.1186/s12859-021-04087-7. PMID: 33765908; PMCID: PMC7993519.

Johansson T, Koskela S, Yohannes DA, Partanen J, Saavalainen P. Targeted RNA-Based Oxford Nanopore Sequencing for Typing 12 Classical HLA Genes. Front Genet. 2021 Mar 4;12:635601. doi: 10.3389/fgene.2021.635601. PMID: 33763116; PMCID: PMC7982845.

Johansson T, Yohannes DA, Koskela S, Partanen J, Saavalainen P. HLA RNA Sequencing With Unique Molecular Identifiers Reveals High Allele-Specific Variability in mRNA Expression. Front Immunol. 2021 Feb 25;12:629059. doi: 10.3389/fimmu.2021.629059. PMID: 33717155; PMCID: PMC7949471.

Yohannes DA, de Kauwe A, Kaukinen K, Kurppa K, Mäki M, Anderson RP, Linnarsson S, Greco D, Saavalainen P. Effects of In Vivo Gluten Challenge on PBMC Gene Expression Profiles in Diet Treated Celiac Disease. Front Immunol. 2020 Dec 11;11:594243. doi: 10.3389/fimmu.2020.594243. PMID: 33362776; PMCID: PMC7759501.

Ventin-Holmberg R, Eberl A, Saqib S, Korpela K, Virtanen S, Sipponen T, Salonen A, Saavalainen P, Nissilä E. Bacterial and Fungal Profiles as Markers of Infliximab Drug Response in Inflammatory Bowel Disease. J Crohns Colitis. 2021 Jun 22;15(6):1019-1031. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjaa252. PMID: 33300552.

Haapasalo K, Koskinen LLE, Suvilehto J, Jousilahti P, Wolin A, Suomela S, Trembath R, Barker J, Vuopio J, Kere J, Jokiranta S and Saavalainen P. The psoriasis risk allele HLA-Cw*06:02 shows evidence of association with chronic or recurrent streptococcal tonsillitis. Infect Immun. 2018 Sep 21;86(10)

Yohannes DA, Freitag TL, de Kauwe A, Kaukinen K, Kurppa K, Wacklin P, Mäki M, Arstila TP, Anderson RP, Greco D, Saavalainen P. Deep sequencing of blood and gut T-cell receptor β-chains reveals gluten-induced immune signatures in celiac disease. Sci Rep. 2017 Dec 21;7(1):17977

Rivas MA, Graham D, Sulem P, Stevens C, Desch AN, Goyette P, Gudbjartsson D, Jonsdottir I, Thorsteinsdottir U, Degenhardt F, Mucha S, Kurki MI, Li D, D'Amato M, Annese V, Vermeire S, Weersma RK, Halfvarson J, Paavola-Sakki P, Lappalainen M, Lek M, Cummings B, Tukiainen T, Haritunians T, Halme L, Koskinen LL, Ananthakrishnan AN, Luo Y, Heap GA, Visschedijk MC; UK IBD Genetics Consortium; NIDDK IBD Genetics Consortium, MacArthur DG, Neale BM, Ahmad T, Anderson CA, Brant SR, Duerr RH, Silverberg MS, Cho JH, Palotie A, Saavalainen P, Kontula K, Färkkilä M, McGovern DP, Franke A, Stefansson K, Rioux JD, Xavier RJ, Daly MJ, Barrett J, de Lane K, Edwards C, Hart A, Hawkey C, Jostins L, Kennedy N, Lamb C, Lee J, Lees C, Mansfield J, Mathew C, Mowatt C, Newman B, Nimmo E, Parkes M, Pollard M, Prescott N, Randall J, Rice D, Satsangi J, Simmons A, Tremelling M, Uhlig H, Wilson D, Abraham C, Achkar JP, Bitton A, Boucher G, Croitoru K, Fleshner P, Glas J, Kugathasan S, Limbergen JV, Milgrom R, Proctor D, Regueiro M, Schumm PL, Sharma Y, Stempak JM, Targan SR, Wang MH. A protein-truncating R179X variant in RNF186 confers protection against ulcerative colitis. Nat Commun 7:12342, 2016

Dubois P,  Trynka G, Franke L, Hunt K, Romanos J, Curtotti A, Zhernakova A, Heap G, Adany R, Aromaa A, Bardella M, van den Berg, L, Bockett N, de la Concha E, Dema B, Fehrmann R, Fernandez-Arquero M, Fiatal S, Grandone E, Green P, Groen H, Gwilliam R, Houwen R, Hunt S, Kaukinen K, Kelleher D, Korponay-Szabo I, Kurppa K, MacMathuna P, Mäki M, Mazzilli M, McCann P, Mearin M, Mein C, Mirza M, Mistry V, Mora B, Morley K, Mulder C, Murray J, Nunez C, Oosterom E, Ophoff R, Polanco I, Peltonen L, Platteel M, Rybak A, Salomaa V, Schweizer J, Sperandeo M, Tack G, Turner G, Veldink J, Verbeek W, Weersma R, Wolters V, Urcelay E, Cukrowska B, Greco L, Neuhausen S, McManus R, Barisani D, Deloukas P, Barrett J,  Saavalainen P, Wijmenga C, van Heel D. Multiple common variants for celiac disease influencing immune gene expression. Nat Genet 42:295-302, 2010

Celiac Disease Research Center, University of Tampere: Katri Kaukinen, Katri Lindfors, Kalle Kurppa, Teea Salmi, Markku Mäki

Inflammatory Bowel Disease Research Group, University of Helsinki and HUS: Taina Sipponen, Anja Eberl, Martti Färkkilä

Ovarian cancer research: Seppo Meri, Sampsa Hautaniemi, University of Helsinki

Folkhälsans forskningsstiftelse

Finlands Akademi

Business Finland

Sigrid Jusélius Stiftelse

Kontakt

    • Päivi Saavalainen

      PhD, Docent, Gruppledare

    • tfn:
      +358504487487

    • Kontakta